碳水化合物和脂肪似乎成為各種健康問題的罪魁禍首，但蛋白質也被指責造成某些健康問題，主要與腎臟和骨骼有關。由於某些高蛋白飲食的普及，似乎這些擔憂最近出現了。
早期研究將蛋白質攝入量與尿鈣增加聯繫起來，認為這會導致骨質流失過多。然而，自那以後做的更新更好的研究並不支持這種擔心。現在的證據表明，蛋白質對骨骼沒有負面影響，並且在大多數情況下，它甚至具有保護作用。
還有人認為，高蛋白攝入量會過度壓迫腎臟，並可能導致腎臟損傷。不過，後來的研究再一次表明，高蛋白攝入量本身並不損害正常健康的腎臟。
骨骼健康和腎臟健康得到眾多營養素和生活方式因素的支持。大量攝入鉀和營養與骨骼健康相關的健康飲食對骨骼和腎臟健康的影響要遠大於平均蛋白質攝入量。
要明確，我們指的是蛋白質對正常健康的骨骼和腎臟的影響。如果一個人存在預先存在的疾病或腎功能不全，他們應該諮詢他們的健康專業人員以確定他們的飲食情況是否最好。